协议签署后，教育部将对合肥工业大学的改革、建设与发展给予更多关注和支持，在学科建设、人才培养、科学研究、师资队伍、校园建设等方面给予学校相应的经费投入和政策支持，促进学校各项事业更好更快发展。

　　工业和信息化部则将大力支持合肥工业大学围绕工业行业规划，建设工业和信息化部重点实验室、国防实验室和工程(技术)研究中心。

　　安徽省将继续把合肥工业大学的改革和发展纳入全省整体建设和社会发展总体规划，在政策、资金、土地规划等方面给予支持;同时进一步支持合肥工业大学高端人才引进、高等教育质量工程、重点学科建设和校园建设等工作。